Depuis les autochtones qui fréquentaient les lieux avant le 18e siècle, jusqu’au lieu national de pèlerinage qu’on connaît aujourd’hui, l’histoire du Sanctuaire Notre-Dame-du-Cap est jalonnée d’épisodes d’une histoire passionnante.

On pourrait diviser l’histoire du site en trois grandes périodes : celle des autochtones avant 1649, celle du noyau paroissial de 1649 à 1953, et celle du centre national de pèlerinage depuis 1880.

On connaît peu comment les autochtones occupaient l’embouchure de la rivière Faverel depuis des millénaires mais c’est là qu’au milieu du 17e siècle, les Jésuites ont voulu développer une mission religieuse (un poste missionnaire) qui aurait permis les échanges culturels si cette mission avait réussi. En 1660, un bourg palissadé est aménagé, l’église paroissiale y est érigée en 1661, un cimetière y est ouvert et au moins 18 familles s’y installent. En 1720, une nouvelle église est ouverte. C’est le petit Sanctuaire actuel. Dédiée à Sainte-Marie-Madeleine de 1720 à 1880, elle sera réservée au culte du Saint-Rosaire à compter de 1880 après qu’une troisième église soit venue la remplacer. En plus d’être le cœur de l’activité paroissiale jusqu’en 1952, le site deviendra petit à petit dès 1881 le lieu de pèlerinage qu’on connaît aujourd’hui.